Воспользуемся утилитой Gparted partition manager сайт разработчиков gparted.sourceforge.net
В зависимости от того с какого устройства USB или CD будете проделывать операции, скачиваете нужный вам GParted LiveUSB или LiveCD по ссылке http://sourceforge.net/projects/gparted/files/gparted-live-stable/. (в момент написания была версия gparted-live-0.11.0-10.iso, возможно уже есть более новая версия)
открывает программу создание загрузочного диска. В этой программе выбираем наш образ gparted-live-0.11.0-10.iso и используемый диск у меня автоматически выбралась USB флашка(/dev/sdb1/). Нажимаем на кнопку создать загрузочный диск.
После этого выключаем компьютер. подсоединяем второй NDD. Включаем при загрузке выбираем загрузить с USB или с CD у меня в биосе эта опция выбора на кнопке F12 (Если у Вас нет, тогда прийдется зайти в биос и настроить загрузка с USB или с CD).
После того как загрузится GParted Live Debian в программе выбираете в правом верхнем углу ваш старый NDD отмечаете раздел который нужно скопировать Выбирает пункт меню копировать , выбираете новый NDD выбираете раздел и в этом разделе по контекстному меню выбирает вставить(paste). После выбираете какой размер партиции будет после операции. Повторяете все для других разделов если они есть. Нажимаете применить. (Идете пить чай, я запускал на ночь - утром все было готово).
Перегружаете систему, устанавливаете программу sudo apt-get install boot-repair если она у вас не установлена. Запускаете ее. Выбираете расширенный режим. Устанавливаете переустановить GRUB и на каком NDD . Нажимаете кнопку применить.
Выключает компьютер. Снимаете старый NDD. Включаете компьютер.